湯河原町の城願寺は約九百年前、この地(相模土肥郷)の豪族土肥次郎實平が、萬年の世までも家運が栄えるように「萬年山」と号して持仏堂を整えたことからその歴史は始まる。鎌倉時代後期には五山十刹につぐ寺格である諸山に指定され、西相模地方では指折りの禅刹だったと伝えられる。その後衰退していたが、南北朝時代に土肥氏の末裔の土肥兵衛入道が、清拙正澄（大鑑禅師）の弟子の禅僧雲林清深を開山に招請して再興。もと密教寺院だったものを臨済宗に改め、清拙正澄を勧請開山（名目上の開山）とした。やがて土肥氏が失脚し、小田原大森氏の時代になると再び衰退するが、戦国時代に大州梵守－大永5年1525年卒－（早川村海蔵寺三世、肥田山保善院三世）が再興、曹洞宗に改宗し現在に至る。